A comissão encarregada de coordenar a implantação da Universidade Federal da Fronteira Sul (UFFS) definiu os 16 primeiros cursos que serão oferecidos pela nova instituição, a partir de março de 2010. A UFSS vai oferecer inicialmente 2.160 vagas, 1.020 delas no horário noturno, em cinco campi – Chapecó, Laranjeiras do Sul (PR), Realeza (PR), Cerro Largo (RS) e Erechim (RS).
Presidida pelo professor da UFSC, Dilvo Ristoff, a comissão selecionou os seguintes cursos: Administração (Chapecó), Arquitetura e Urbanismo (Erechim), Aquicultura (Laranjeiras do Sul), Agronomia (Chapecó, Cerro Largo, Erechim e Laranjeiras do Sul), Desenvolvimento Rural e Gestão Agroindustrial (Cerro Largo e Laranjeiras do Sul), Enfermagem (Chapecó), Engenharia Ambiental e Energias Renováveis (Chapecó, Cerro Largo e Erechim), Engenharia de Alimentos (Laranjeiras do Sul), Licenciatura em Ciências – Biologia, Química e Física (Cerro Largo e Realeza), Licenciatura em Educação no Campo (Laranjeiras do Sul), Licenciatura em Humanidades – Filosofia, História, Geografia e Sociologia (Chapecó e Erechim), Licenciatura em Pedagogia (Chapecó e Erechim), Licenciatura em Português e Espanhol (Chapecó, Cerro Largo e Realeza), Nutrição (Realeza), Veterinária (Realeza) e Ciências da Computação (Chapecó).
Em maio, a comissão pretende definir os projetos pedagógicos dos cursos e o projeto institucional da nova universidade. Depois disso, abrirá concursos para a contratação de servidores técnico-administrativos e de professores. A comissão decidiu ainda que vai utilizar o Enem como parte do processo de seleção dos estudantes que vão ingressar na UFFS.