A 25ª Promotoria de Justiça de Florianópolis designou duas auditoras para acompanhar in loco o processo de auditoria na Fundação de Amparo à Pesquisa e Extensão (Fapeu) e na Fundação de Estudos e Pesquisas Sócio-Econômicos (Fepese). Nas duas instituições, o Ministério Público estadual rejeitou a prestação de contas de 2004.
O acompanhamento das contas dentro das fundações é um processo extra-judicial, originado em um acordo entre a Promotoria e as diretorias das Fapeu e da Fepese. As auditoras não interferem na administração das instituições nem houve, como na Feesc, afastamento de qualquer integrante da diretoria.
Segundo a assessoria da Promotoria, a presença das profissionais nas instituições é parte do procedimento normal de auditoria e se explica pelo grande número de contratos firmados e pelo “grande porte das contas”. Ainda de acordo com a assessoria, procedimentos similares ocorrem em outras fundações do Estado, não ligadas à universidade.